水土保持工程乙级资质更名后资质证书的换发流程如下：

一、更名决定

企业股东大会决议：

企业股东大会作出更名决定，确定新名称。

时间节点：更名前至少一个月开始筹备。

工商变更登记：

更名决定作出后，新名称的企业携带相关证件到工商行政管理部门办理变更登记，领取新的营业执照。

时间节点：更名决定作出后一周内完成。

二、资质证书变更申请

资质证书变更申请表：

更名后的企业携带新名称的营业执照复印件、原资质证书原件等材料，填写资质证书变更申请表。

时间节点：工商变更登记完成后一周内完成。

资质证书变更审核：

主管机关对提交的资质证书变更申请表进行审核，如材料齐全、符合要求，主管机关出具同意变更的书面意见。

时间节点：资质证书变更申请提交后一周内完成。

三、资质证书换发

资质证书换发申请：

更名后的企业携带同意变更的书面意见、新名称的营业执照复印件、原资质证书原件等材料，向主管机关提出资质证书换发申请。

时间节点：资质证书变更审核通过后一周内完成。

资质证书换发审核：

主管机关对提交的资质证书换发申请进行审核，如材料齐全、符合要求，主管机关出具同意换发的书面意见。

时间节点：资质证书换发申请提交后一周内完成。

资质证书换发办理：

更名后的企业携带同意换发的书面意见，到主管机关办理资质证书换发，领取新的资质证书。

时间节点：资质证书换发审核通过后一周内完成。

四、注意事项

新名称与原名称的区别：

新名称与原名称应有明显区别，不得与同行业其他企业名称相同或近似。

时间节点：更名决定作出后一周内完成。

资质证书原件：

原资质证书原件应在更名前妥善保管，避免遗失或损毁。

时间节点：更名决定作出后一周内完成。